Seit ca. 1923 wird innerhalb der Mathematisch-Astronomischen Sektion am Goetheanum in Dornach eine Sternwarte betrieben. Zunächst als reine Forschungssternwarte konzipiert, wurden später erste Beobachtungsabende mit Publikumsverkehr eingerichtet. Das erste, von Elisabeth Vreede angeschaffte Teleskop stammt aus dem 19. Jahrhundert und ist als Museumsstück teilweise in der Johannes Kepler-Sternwarte ausgestellt.

Ab 1957 wird östlich und oberhalb des Goetheanum — zwischen Haus Schuurmann und dem später errichteten Holzhaus — der Bau eines Sektionsgebäudes für die Mathematisch-Astronomische Sektion von Suso Vetter in Angriff genommen. Am 30. März 1958, dem 33-jährigen Todestag Rudolf Steiners, wird das neue Sektionsgebäude durch Albert Steffen feierlich eröffnet. Seit diesem Tag trägt es den von Albert Steffen gewählten Namen Johannes Kepler-Warte oder kurz Keplerwarte. Am 22. Mai 1958 wird das neu restaurierte, frisch gestrichene, blaue Teleskop von Elisbeth Vreede im damaligen "Tierkreishäuschen" aufgestellt und eingerichtet. Am 7. Juni 1958 findet die erste Führung durch Suso Vetter statt.

Im Laufe der 80er-Jahre wird das bestehende Teleskop durch ein Celestron C-8-orange ersetzt. Es handelt sich dabei um einen 203 mm Schmidt-Cassegrain-Spiegel.

Anfang der 90er-Jahre werden durch Wolfgang Held regelmässig öffentliche Führungen in der Sternwarte durchgeführt, an denen zwischen 20 und 100 Besucher (bei Tagungen) teilnahmen. Ein Astro Physics Starfire Apochromate (7,1") können 1994 durch eine grosszügige Spende gekauft werden, die eine deutliche Verbesserung der optischen Qualität bringen. Von 1995 bis 1997 hat Michael Bader die Arbeit von Wolfgang Held in der Sternwarte unterstützt.

Seit 1999 bietet Michael Bader Führungen in der Sternwarte an. Mit Hilfe des Eintrittsgeldes konnte ein Elektroantrieb für das 2t schwere Dach ermöglicht werden.

Von Februar 2008 bis Sommer 2010 wurden die Sternführungen von Sven Baumann angeboten.

Von Herbst 2010 bis Sommer 2019 wurden die Führungen von Oliver Conradt durchgeführt.

Seit Herbst 2019 werden die Fürhungen von Charles Trefzger durchgeführt.